Из работы исключены задания 1–21 и 24 по нумерации 2015 г. В часть 1 работы добавлены новые задания на установление соответствия:  на знание дат (2 по нумерации 2016 г.); на знание основных фактов, процессов, явлений (5); на работу с текстовым  историческим источником (6); на знание основных фактов истории культуры (17); задание по истории Великой Отечественной войны на заполнение пропусков в  предложениях (8), а также задание  с кратким ответом на работу с историческим источником по  истории  XX  в. (10). 

В части 1 экзаменационной работе 2016 г. изменено расположение заданий: задания расположены в соответствии с принципом чередования видов деятельности.  Из части 2 экзаменационной работы исключено задание на проверку умения представлять результаты историко-познавательной деятельности в свободной форме (40 по нумерации 2015 г.). Добавлено новое задание, предполагающее написание исторического сочинения по определённому периоду истории России. 

Продолжительность экзамена увеличена до 235 минут.